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第五章 由进化论构建网络的方法
5.1 用DD方法研究生物网络的度负关联性
5.1.1 随机复制模型
5.1.2偏爱复制模型
5.1.3 节点删除变异模型
5.1.4 删边变异模型
5.1.5 加边变异模型
5.1.6 重组边变异模型 第六章 基于生物分子网络的知识发现 6.1 网络膜体 6.1.1 转录调控网络中的网络膜体 6.1.2 转录后调控网络中的网络膜体 6.1.3 蛋白质相互作用网络中的膜体和模块 6.2 生物网络中的分层结构 6.3 基于生物网络的知识挖掘 6.3.1 人类疾病网络 6.3.2 药物_靶蛋白网络 6.3.3 小结 第七章 细胞信号传导通路:建膜和识别 7.1 细胞信号转导 7.2 信号转导网络建膜 7.2.1微分方程模型 7.2.2 Petri网络模型 7.2.3 布尔网络 7.3 基于蛋白质相互作用网络的信号通路识别' 7.3.1统计方法 7.3.2 概率图模型 7.3.3优化方法 7.4信号途径的应用 7.5总结 第八章 具有典型动力学性质的生物分子网络介绍 8.1 具有平凡动力学特征的网络 8.2 具有开关效应的网络 8.2.1单基因双稳系统 8.2.2 双基因双稳系统 8.2.3 高微生物系统中的多稳态 8.2.4 更多平衡点的多稳态系统 第九章 生物分子网络中的调控现象 9.1 基因表达调控 9.2小RNA调控 9.3 积分调控 9.4单调控控制系统 第十章 一些生命现象的网络分析例子 10.1 细胞周期 10.1.1一类简单的通用模型 10.1.2 一些常见的模型 10.2 酵母细胞周期网络的离散和连续模型 10.3 酵母细胞周期网络的随机模型 10.4 生物节律 10.4.1 果蝇的生物钟 10.4.2 蓝藻生物钟 10.4.3 哺乳动物生物钟 10.5 哺乳动物节律的网络模型 10.6 细胞通信和细胞同步行为研究 10.7 适应性模型
<生物芯片技术与实践>科学出版社2010年5月第一版 作者:{英}史蒂夫.拉塞尔 荔萨.梅多斯 罗斯林.拉塞尔 著 肖华胜 张春秀 武雪梅 华友佳 刘寒梢 译. 目录 译者序 前言和致谢 第一章 引言 1.1 技术介绍 1.2 发展概况 1.3 简要概述 第二章 实验设计基础 2.1 生物芯片基因表达测量中的变异来源 2.2 对照和重复 2.3 实验设计 2.4小结 第三章 生物芯片的设计和制备 3.1 探针的选择 3.2 cDNA和扩增产物探针 3.3 寡核苷酸探针 3.5 生物芯片的制备 3.5 小结 第四章 样本收集和标记 4.1 样本收集和RNA提取 4.2 RNA的质量评价 4.3 cDNA的合成 4.4 标记方法 4.5 信号放大 4.6 RNA扩增 4.7扩增方法的比较 4.8 荧光标记样本的质量控制 4.9小结 第五章 杂交和扫描 5.1杂交 5.2 数据获取 5.3 信号点定位 5.4 方法比较 5.5 数据提取 5.6 质量控制基本要求 5.7小结 第六章 数据预处理 6.1 预处理基本原理 6.2 系统误差的来源 6.3 背景校正 6.4 数据过滤\标记和加权 6.5 缺失值的处理 6.6 数据转换 6.7 空间效应的处理 6.8 Print-Tip Group Loess归一化 6.9 二维(2D)Loess 6.10 复合Loess归一化 6.11 加权Loess归一化 6.12 使用重复探针增强归一化效果 6.13 "片间"归一化 6.14 关于质控的其他注意事项 6.15 生物芯片质量控制协会(MAQC) 6.16 外源RNA对照协会(ERCC) 6.17 EMERALD 协会 6.18 Affymetrix GeneChip 数据的预处理 6.19 探针校正和整合 6.20 背景校正 6.21 归一化 6.22 小结 第七章 差异表达 7.1 引言 7.2 统计学推断 7.3 参数统计 7.4 生物芯片数据的线性模型(LIMMA) 7.5 非参数统计 7.6 基因-类别检验 7.7 小结 第八章 聚类和分类 8.1 引言 8.2 相似性度量 8.3 无监督分析方法:聚类和分区 8.4 评价聚类质量 8.5 微数减少 8.6 有监督的方法 8.7 模型质量评价 8.8 小结 第九章 生物芯片数据的存储和数据仓 9.1 引言 9.2 ArrayExpress数据库 9.3 Gene Expression Ornnibus(GEO) 9.4 其他数据存储和数据仓 9.5 小结 第十章 基因组芯片分析 10.1 基因组芯片 10.2 外显子芯片 10.3 叠瓦芯片 10.4 扩增子及BAC芯片 10.5 寡核苷酸叠瓦芯片 10.6 叠瓦芯片的应用 10.7叠瓦芯片的应用 10.8小结 第十一章 生物芯片技术在医学中的应用 11.1 引言 11.2病原体研究:疟疾 11.3 人类疾病表达谱研究 11.4 比较基因组杂交芯片 11.5 SNPsHE 和基因分型 11.6 小结 第十二章 其他种类的生物芯片技术 12.1蛋白质结合芯片 12.2细胞和组织芯片 12.3 蛋白质芯片 12.4小结 第十三章 生物芯片的未来与展望 13.1生物芯片技术 13.2 标记和检测技术 13.3 成像技术 13.4 分析技术 参考文献(略) 索引(略)
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